Trong thế giới truyện tranh của Navy Team, câu chuyện về Natsuki - một cậu học sinh trung học với tính cách trẻ con và tinh nghịch luôn khiến người đọc cười ra nước mắt. Mỗi lần Natsuki bày trò, anh luôn để lại những dấu ấn khó phai cho những người xung quanh.
Cuộc sống của Natsuki bị đảo lộn khi cậu gặp Kaito - một học sinh chuyển trường điển trai và lịch lãm. Kaito không chỉ lôi cuốn bởi vẻ ngoài lịch lãm, tài năng vượt trội mà còn bởi sự tinh tế và thông minh. Từ lúc gặp Kaito, Natsuki đã đặt ra kế hoạch trêu chọc cậu ta, nhưng mọi kế hoạch của cậu đều thất bại trước sự thông minh và sắc bén của Kaito.
Dần dần, Natsuki nhận ra rằng tình cảm của mình dành cho Kaito không chỉ đơn thuần là sự thích thú hay trò chơi trẻ con. Tình yêu ấy đã thay đổi cậu, làm cho cậu muốn trở nên tốt hơn, làm cho cậu muốn trở thành một người xứng đáng với tình cảm mà cậu dành cho Kaito.
Tình yêu của Natsuki dần khẳng định bản thân, giúp cậu trưởng thành và hiểu rõ hơn về bản thân cũng như về tình yêu. Cuối cùng, khi mọi khúc mắc và tranh chấp đã được giải quyết, Natsuki và Kaito cùng nhau bước vào một tương lai đầy hứa hẹn, với tình yêu và sự hiểu biết lẫn nhau.
