Trong trường học trung học Maple, có một học sinh tên là Kaito, một chàng trai lạnh lùng và ít nói. Một ngày, khi vô tình chạm tay vào một chiếc đồng hồ cũ, Kaito bị hút vào một chiếc cánh cổng thần bí và bị đưa đến một thế giới song song khác. Ở đó, anh phát hiện ra mình đã đổi giới tính thành cô gái tên Kira.
Kaito, giờ là Kira, phải tìm cách trở về thế giới thực. Trải qua nhiều khó khăn và phiêu lưu trong thế giới mới, Kira gặp phải Masato, một chàng trai học cùng trường, người đã giúp đỡ và hỗ trợ Kira trong cuộc hành trình tìm lại bản thân.
Dần dần, tình cảm giữa Kira và Masato bắt đầu nảy nở, nhưng họ đều không thể nói lên điều đó. Khi cuộc hành trình trở về thế giới ban đầu đến hồi kết, Kira đã phải đứng trước quyết định giữa việc trở về với bản thân trước hay ở lại với Masato trong thế giới mới.
Kết thúc câu chuyện không chỉ để lại những dấu hỏi cho người đọc mà còn khơi dậy nhiều suy tư về giới tính, tình yêu và sự chấp nhận. "5 Giây" không chỉ là một câu chuyện về tình yêu mà còn là một câu chuyện về sự tìm kiếm và chấp nhận bản thân.